Un aspecto esencial en la ejecución de fondos europeos es el relativo a la protección de los intereses financieros de la Unión Europea frente a los cuatro riesgos específicos que se asocian a esta ejecución: el fraude, la corrupción, los conflictos de interés y la doble financiación. 

En este sentido, el CEDER ha adoptado diversas medidas que se concretan en la elaboración, aplicación y mejora continua de un Plan de medidas antifraude, además de facilitar el acceso a a cualquier interesado a los canales de denuncias puestos a disposición de los ciudadanos.